Olá Maria
Não há restrição para incluir CNAE em filiais fora do estado apenas porque a matriz é de São Paulo. Cada filial pode ter CNAE próprio, desde que a atividade esteja prevista no objeto social. Se não estiver, é necessária alteração contratual na JUCESP. A inclusão é feita por DBE/Coleta Web para cada filial e registrada na Junta Comercial do estado da filial, observando exigências estaduais e municipais. Deve-se avaliar previamente o impacto no regime tributário, especialmente no Simples Nacional.
Espero ter ajudado.