Olá Eduarda
No Paraná é normal a Inscrição Estadual ficar 3 a 7 dias úteis em análise após a liberação do CNPJ e do contrato social, portanto no 3º dia útil não há atraso.
Quando, no REDESIM, a aba da Secretaria da Fazenda direciona para o portal da Receita PR, isso apenas indica que o pedido já foi recepcionado pela SEFA-PR e está em análise interna, não sendo necessário fazer cadastramento adicional para gerar a numeração da IE, salvo se a SEFA-PR abrir alguma exigência ou o processo ficar parado por prazo excessivo. Somente nesses casos será necessário acessar o e-Protocolo / Receita PR para envio de documentos ou validação cadastral.
Se o cliente optar por certificado digital, o correto é e-CNPJ, pois a inscrição estadual é vinculada ao CNPJ e a SEFA-PR não aceita e-CPF para atos de cadastro fiscal da empresa, servindo o e-CPF apenas para consultas ou para o contador com procuração.
Espero ter ajudado.