Olá Alex Sandro, tudo bem?
Infelizmente, não. A viabilidade de Inscrição Municipal pela JUCESC não se aplica, pois é exclusiva para empresas constituídas antes da integração (pré-2019).
Para MEI que migrou para ME e não possuía IM, a inscrição deve ser solicitada diretamente na Prefeitura.
Você já tentou abrir um chamado como cidadão, solicitando a alteração do cadastro de cidadão para contador ou, alternativamente, a inscrição manual pelo setor tributário?
Espero ajudar.