Boa tarde, Luan,
O documento que você está buscando, o instrumento de inscrição do empresário individual, na verdade já existe desde a abertura do CNPJ como MEI. O que acontece é que esse instrumento foi gerado automaticamente pelo próprio Portal do Empreendedor no momento do registro, e por isso não aparece como uma opção separada para emissão depois.
O que muda agora, com o desenquadramento automático em 2024, é que a empresa deixou de ser MEI e passou a ser um Empresário Individual comum enquadrado no Simples Nacional. Isso exige uma atualização cadastral na Junta Comercial, e é essa atualização que provavelmente você precisa fazer, e não a emissão do instrumento original.
Em São Paulo, quem cuida desse registro é a JUCESP, e não o Redesim nacional nem o Portal da Junta Comercial genérico. O sistema próprio da JUCESP para esse tipo de alteração se chama Via Rápida Empresa, conhecido como VRE, e está disponível no site da própria Junta Comercial de São Paulo, no endereço jucesp.sp.gov.br. É por esse sistema que se faz a alteração do registro do empresário individual, incluindo atualização de capital social, atividades e demais dados cadastrais.
Sobre a questão do certificado digital, para empresário individual não é obrigatório ter certificado digital A1 ou A3 para assinar esse tipo de documento. A assinatura pode ser feita eletronicamente usando login e senha da conta gov.br, desde que essa conta esteja no nível prata ou ouro. Esse tipo de assinatura eletrônica é aceito pela Junta Comercial justamente para facilitar o processo de empresários individuais, que muitas vezes não têm certificado digital próprio.
De forma resumida, o caminho costuma ser o seguinte: acessar o sistema Via Rápida Empresa da JUCESP, iniciar um processo de alteração de empresário individual, preencher o Documento Básico de Entrada com os dados atualizados, deixar o próprio sistema gerar o instrumento de alteração com base nessas informações, assinar eletronicamente com a conta gov.br, gerar a guia de recolhimento das taxas e protocolar o processo para análise da Junta Comercial.
Como os sistemas de registro passam por atualizações frequentes, principalmente nos últimos anos, vale a pena conferir diretamente no site da JUCESP se o fluxo está exatamente assim no momento em que for realizar o processo, já que pequenos detalhes de navegação podem mudar. Caso encontre alguma dificuldade específica dentro do sistema, também é possível entrar em contato com o atendimento da própria Junta Comercial de São Paulo para orientação sobre o caso.