Olá Fabiana, tudo bem?
No meu entendimento o correto seria refazer o processo, apresentando a capa de requerimento adequada conforme as orientações da Junta. Os demais documentos poderiam ser reaproveitados, desde que ainda sejam válidos.
Esse tipo de situação é incomum, mas pode acontecer em auditorias internas da Junta.
Recomendo que você entre em contato diretamente com a Junta Comercial do seu estado, pois eles podem orientar de forma mais precisa sobre como proceder e confirmar se existe alguma alternativa específica para esse caso.
Espero ter ajudado.