Olá Francisca
No estatuto, informe obrigatoriamente o endereço da sede (domicílio fiscal), mas é altamente recomendável incluir uma cláusula permitindo que a entidade realize atividades em outros locais (como templos ou unidades), evitando limitações futuras. No CNPJ/DBE, está correto utilizar apenas o endereço da sede administrativa, pois é ele que define o domicílio fiscal da entidade.
Já na prefeitura, a lógica muda, o cadastro mobiliário e o alvará devem estar vinculados ao endereço onde a atividade efetivamente ocorre (o templo). No seu caso, o indeferimento aconteceu por questão de zoneamento urbano, ou seja, o problema não é contábil, mas sim o fato de a atividade religiosa estar sendo exercida em área residencial não permitida.
Na prática, você tem três caminhos:
tentar regularizar o local junto à prefeitura (uso permitido/tolerado);
manter apenas a sede fiscal e assumir o risco de funcionar em local não regularizado;
estruturar corretamente com matriz (sede) e filial (templo), desde que o endereço da atividade seja permitido.
Hoje já existem muitas exigências quando há divergência entre sede e local de atividade, principalmente em fiscalizações municipais, mas o ponto crítico não é a divergência e sim o funcionamento em local irregular.
Espero ter ajudado.