Olá Myrcia, tudo bem?
Com a exigência de emissão de nota fiscal, isso não significa, necessariamente, que o profissional precise abrir um CNPJ. Mesmo sendo profissional regulamentado pelo CREF, ele pode atuar como autônomo (pessoa física) e emitir nota fiscal, conforme as regras do município, ficando sujeito ao Carnê-Leão e às contribuições previdenciárias.
A abertura de CNPJ (como ME) não é obrigatória e a melhor opção precisa ser avaliada caso a caso, pois depende principalmente:
do valor da renda mensal/anual;
da carga tributária em cada cenário;
das exigências dos tomadores de serviço;
dos custos e obrigações acessórias envolvidos.
Em muitos casos, especialmente com renda menor, o modelo de autônomo pode ser suficiente. Já em rendas mais elevadas, o CNPJ pode se tornar mais vantajoso. O ideal é analisar os números antes de definir a estrutura mais adequada.
Espero ter ajudado.