Olá, Cleyson!
Infelizmente, se ele realmente ultrapassou o limite do MEI, não existe uma alternativa "segura" para permanecer enquadrado como MEI.
Dar baixa no CNPJ e abrir outro não elimina o histórico de faturamento já ocorrido e pode gerar problemas caso a Receita identifique a tentativa de manter indevidamente o enquadramento. Porém, não sabemos quando a receita pode notificar seu cliente… Não há uma garantia quanto à isso.
O correto seria analisar em quanto houve o excesso e em qual período ocorreu, para verificar os efeitos do desenquadramento. A partir daí, orientar a migração para o regime adequado.
Na prática, qualquer avaliação de risco depende muito do caso concreto e do cruzamento de informações que a Receita venha a realizar.
Espero ter ajudado.