Olá Thamires
O MEI inapto com débitos não impede automaticamente a abertura de uma nova empresa no Simples Nacional, mesmo que a pessoa queira entrar como sócia em uma LTDA ou outra natureza jurídica. O principal ponto é que o MEI não pode permanecer ativo caso ela participe de outra empresa, então o ideal é realmente fazer a baixa.
A inaptidão normalmente ocorre por omissão de DASN-SIMEI e falta de regularização fiscal, mas isso não cancela os débitos, que continuam vinculados ao CPF do titular mesmo após o encerramento do CNPJ. Na prática, o mais seguro é primeiro transmitir as declarações em atraso, levantar todos os débitos, verificar se já existem inscrições em dívida ativa e, em seguida, fazer o parcelamento. Com o parcelamento ativo, a exigibilidade do débito fica suspensa, reduzindo bastante o risco de indeferimento da opção pelo Simples Nacional da nova empresa.
Depois disso, pode ser feita a baixa do MEI e a abertura da nova empresa normalmente. Portanto, a orientação correta é regularizar minimamente, parcelar os débitos, encerrar o MEI e então constituir a nova empresa.
Quanto à cobrança, muitos escritórios trabalham entre R$ 300 e R$ 800 para regularização e baixa simples do MEI, podendo aumentar se houver PGFN, várias declarações atrasadas ou parcelamentos mais complexos. Já a abertura da nova empresa costuma ficar entre R$ 900 e R$ 1.700, dependendo da região e do escopo do serviço.
Espero ter ajudado.