Olá Alex
Pelo que você descreveu, o desenquadramento do MEI aparentemente ocorreu de forma regular no aspecto tributário, já que a consulta ao Simples Nacional demonstra que a empresa foi MEI até 31/12/2024, permanece optante pelo Simples Nacional em 2025, está transmitindo PGDAS-D e até realizou parcelamento de débitos do regime. Isso indica que os efeitos do desenquadramento foram reconhecidos pela Receita Federal.
A inconsistência parece estar na esfera cadastral/registral, pois o nome empresarial ainda contém o CPF, característica típica do MEI e você não localizou ato constitutivo ou alteração na Junta Comercial. Antes de protocolar qualquer alteração, recomendo verificar detalhadamente a situação cadastral do CNPJ (natureza jurídica, nome empresarial, capital social e histórico de eventos), bem como consultar o histórico completo da empresa na Junta Comercial e não apenas a certidão de inteiro teor.
Também é fundamental identificar qual DBE foi transmitido em 2025, se foi deferido e se houve protocolo ou conclusão do processo na Redesim/Junta. Em princípio, não faria sentido registrar agora um novo desenquadramento de MEI, pois ele já produziu efeitos desde janeiro de 2025; o mais provável é que seja necessária uma regularização cadastral, com alteração de nome empresarial e eventual consolidação do instrumento de empresário individual, mas somente após confirmar se não existe processo anterior pendente, indeferido ou não concluído. O foco deve ser corrigir a situação registral na Junta, e não refazer o desenquadramento tributário já efetivado.
Espero ter ajudado