Olá Marlene
Quando o empresário individual (que era MEI e foi desenquadrado para ME) falece, a empresa não é baixada automaticamente, passando a integrar o espólio e sendo representada pelo inventariante. Caso os herdeiros não tenham interesse em continuar a atividade, o encerramento deve seguir alguns passos:
primeiro, levantar e regularizar a situação fiscal da empresa, incluindo entrega de todas as obrigações acessórias (como PGDAS-D, DEFIS, DCTF/DCTFWeb, eSocial, se houver) e verificação de débitos;
em seguida, registrar na Junta Comercial o ato de extinção por falecimento do titular, assinado pelo inventariante e acompanhado da certidão de óbito e demais documentos exigidos; depois, realizar a baixa do CNPJ por meio do DBE (evento 517 – baixa por falecimento);
e, por fim, providenciar a baixa nas inscrições estaduais e municipais, se houver.
Mesmo que existam débitos, a baixa pode ser efetuada, mas eles serão transferidos ao espólio, respeitando o limite do patrimônio herdado. É essencial lembrar que, após o desenquadramento do MEI, a empresa passou a ser ME, o que implica novas obrigações fiscais e contábeis que precisam ser regularizadas antes ou durante o processo de encerramento.
Espero ter ajudado.