Olá Jorge
Esse erro costuma ocorrer porque o VRE Digital da JUCESP não reconhece automaticamente o NIRE de outra Junta Comercial, como o da JUCERJA. O NIRE é estadual, então ele só é válido na Junta onde a empresa está registrada.
Quando a empresa transfere a sede para São Paulo, ela ainda não possui NIRE da JUCESP, pois esse número só será gerado após o arquivamento do ato em SP. Por isso, ao informar o NIRE do RJ o sistema pode apresentar erro.
Outro ponto importante é verificar se o processo no VRE foi iniciado com o evento correto de transferência de sede de outra UF para São Paulo, pois se for selecionado um tipo de alteração comum o sistema vai exigir um NIRE da própria JUCESP. Também pode ocorrer de o protocolo da viabilidade ou do Redesim ainda não ter sido integrado ao VRE, situação em que vale sair do sistema, entrar novamente e tentar localizar o processo pelo número do protocolo ou iniciar um novo processo manual no VRE Digital.
Além disso, é importante confirmar se no DBE foi utilizado o evento de alteração de endereço entre UF (evento 225) e se o ato de transferência de sede já foi registrado na Junta de origem (JUCERJA), pois normalmente primeiro se arquiva a alteração no estado de origem e depois se registra a transferência na JUCESP. Essas verificações geralmente resolvem o problema nesse tipo de processo.
Espero ter ajudado