Olá Mariza
É possível que o fato de o estabelecimento estar cadastrado na FDC como "Unidade Auxiliar" esteja relacionado à impossibilidade de emitir a primeira NFS-e, especialmente se a empresa possui apenas a matriz e não tem filiais. Entretanto, antes de concluir isso, vale verificar se o CCM está ativo, se há código de serviço (ISS) vinculado ao cadastro e se a empresa já está autorizada para emissão de NFS-e no sistema da Nota do Milhão. Muitas vezes a opção de emitir nota não aparece porque a autorização ainda não foi solicitada ou concluída. Caso todas essas informações estejam corretas e a empresa realmente tenha apenas um estabelecimento, o cadastro como "Unidade Auxiliar" pode indicar uma inconsistência cadastral trazida da abertura da empresa, sendo recomendável solicitar uma atualização/revisão cadastral do CCM junto à Prefeitura de São Paulo (SP156 ou processo eletrônico) para que o estabelecimento seja enquadrado corretamente como matriz. Isso tende a resolver eventuais restrições relacionadas à emissão da NFS-e.
Espero ter ajudado.