Olá, Janaína! Tudo bem?
De fato, o art. 966 do Código Civil (Lei nº 10.406/2002) define quem é considerado empresário e exclui as profissões intelectuais, científicas, literárias ou artísticas, como médicos, dentistas e outros profissionais regulamentados, salvo se o exercício da profissão constituir elemento de empresa (ou seja, se houver estrutura empresarial organizada).
Então, em alguns municípios e conselhos profissionais, o enquadramento como Empresário Individual para profissionais da saúde não é aceito; em outros, é possível, dependendo da interpretação e da forma como a atividade é estruturada e o tipo de profissional da saúde.
O mais seguro é verificar diretamente com o conselho de classe do profissional (ex.: CRM, CRO, CREFITO) e também consultar a prefeitura antes da abertura da empresa, pois ambos podem ter entendimentos próprios sobre o tipo jurídico permitido e a tributação do ISSQN (no caso da prefeitura).
Espero ter ajudado.