Olá Alex, tudo bem?
O desenquadramento resolve apenas a parte tributária. A parte registral não é automática.
Para continuar regular, é necessário formalizar na Junta Comercial a transformação de MEI para Empresário Individual, com enquadramento como Microempresa. Sem essa etapa, o CNPJ fica com informações inconsistentes entre Receita Federal e Junta, o que pode gerar exigências futuras.
Segue link da aula para te auxiliar:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei/3219064-desenquadramento
Espero ter ajudado.