Boa noite Alex, tudo bem?
Na Receita Federal já é uma empresa normal do Simples Nacional, sendo assim devendo ser feita as apurações do PGDAS retroativo.
O processo na Junta Comercial é para formalização do contrato social e nos devidos órgãos.
Se a empresa for uma prestadora de serviço, por exemplo, você poderia dar início a regularização na Junta Comercial para que seja liberado na Prefeitura o alvará e assim você consiga fazer o cadastro para emissão de notas.
O mesmo vale para Sefaz.
Espero ter ajudado.