Olá Laís, tudo bem?
A principal diferença entre ME e EPP é apenas o porte da empresa, ou seja, o faturamento anual.
As obrigações fiscais, contábeis e acessórias não mudam por ser ME ou EPP, e sim de acordo com o regime tributário adotado pela empresa:
Simples Nacional
Lucro Presumido
Lucro Real
No seu caso específico, a diferença maior não está no porte, mas na atividade.
Como é comércio, ele pode ter obrigações adicionais no âmbito estadual, principalmente relacionadas ao ICMS (inscrição estadual, declarações, SPED, etc.).
Por isso, é importante verificar na SEFAZ do estado onde o cliente está estabelecido quais são as obrigações específicas para comércio naquele estado.
Sobre curso: não existe um curso específico só para EPP, mas sim cursos voltados para:
Simples Nacional
ICMS e rotinas do comércio
Setor Contábil…
Esses sim ajudam bastante no atendimento para todos os tipos de cliente de modo geral.
Espero ter ajudado!