Olá Adriana
Se a escola comprou os livros da editora no CNPJ, ela está comprando para revender. Assim, quando os alunos pagam os livros via PIX para a conta da escola, esse valor é receita da escola e deve entrar no faturamento, mesmo que o pagamento da editora só aconteça depois em parcelas. No Simples Nacional, essa receita deve ser declarada como comércio (Anexo I), separada da receita de serviços educacionais. O procedimento correto é a editora emitir nota para a escola e a escola emitir nota de venda para os alunos. Se os valores entram na conta da escola e não são faturados, pode gerar risco de omissão de receita em eventual fiscalização.
Espero ter ajudado.