Olá Adriana
Quando um CNPJ compra peixe de uma pessoa física (CPF), como no caso do seu cliente que comercializa pescados, a operação precisa ser formalizada pelo próprio CNPJ por meio da emissão de nota fiscal de entrada (NF-e), já que o CPF normalmente não emite documento fiscal. Nessa nota, o CNPJ aparece como emitente e o fornecedor é identificado com o CPF, utilizando CFOP de compra para comercialização.
Em termos tributários, no Simples Nacional não há imposto na entrada (a tributação ocorre na venda), mas pode existir ICMS por antecipação ou substituição tributária dependendo da legislação do Estado. Já no Lucro Presumido ou Real, também pode haver incidência de ICMS, mas não há crédito de PIS/COFINS por se tratar de pessoa física.
Além disso, é fundamental verificar a obrigatoriedade de retenção de INSS (Funrural) quando a compra for de produtor rural pessoa física, sendo o recolhimento responsabilidade do CNPJ adquirente.
Por fim, a operação deve ser devidamente escriturada no SPED Fiscal, evitando riscos de autuação por entrada desacobertada, problemas com ICMS ou pendências previdenciárias.
Espero ter ajudado.