Olá Tania
Você deve iniciar pela JUCESP, pois toda alteração contratual deve ser registrada primeiro na Junta da sede (matriz). Após o deferimento, o mesmo ato deve ser levado para arquivamento na filial na JUCEMA, como ato proveniente de outra UF. A JUCESP não disponibiliza um contrato pronto específico para esse tipo de alteração, então é necessário elaborar a alteração contratual, ajustando o objeto social (CNAEs) e indicando se a nova atividade também será exercida pela filial. Depois disso, é importante atualizar o CNPJ e verificar possíveis impactos em inscrições, alvarás e licenças.
Espero ter ajudado.