Olá Simone, tudo bem?
Ele pode emitir a procuração tanto com o certificado digital e-CNPJ quanto pela conta GOV.br.
No acesso via GOV.br, o login é feito pelo CPF e, dentro do sistema, é possível alternar o perfil para o CNPJ vinculado e emitir a procuração normalmente.
Já com o e-CNPJ, a procuração também pode ser realizada diretamente em nome da empresa.
Caso não esteja conseguindo, é possível que seja instabilidade do sistema, pois a conta GOV nível Ouro já atende aos requisitos.
Espero ter ajudado.