Olá Diogo
Sim, é possível resolver a baixa do CNPJ mesmo com a sócia administradora no Japão, desde que ela outorgue poderes à outra sócia por meio de uma procuração com poderes específicos para representação perante a Receita Federal do Brasil e para atos de extinção da empresa. A forma mais segura é fazer uma procuração pública no consulado brasileiro no Japão, pois já terá validade direta no Brasil; alternativamente, pode ser feita no exterior com apostilamento conforme a Convenção da Apostila de Haia e posterior tradução juramentada. Depois disso, a procuração deve ser cadastrada no e-CAC para permitir que a outra sócia assine o DBE e conduza todo o processo de baixa. Caso a sócia no Japão consiga recuperar acesso ao gov.br, também seria possível outorgar procuração ou assinar diretamente por meio digital, mas, diante da dificuldade relatada, o caminho via consulado tende a ser o mais prático e seguro para evitar exigências ou indeferimentos.
Espero ter ajudado.
