Quais são os principais gargalos no processo de legalização de empresas?

Pessoal, tenho atuado com abertura e regularização de empresas e percebo que o processo de legalização pode variar bastante dependendo do caso. Na experiência de vocês, quais são os principais gargalos (ex: prefeitura, junta comercial, alvarás, etc.) que mais atrasam o processo? E o que vocês fazem na prática para agilizar ou evitar retrabalho?