Olá, Fernanda! Tudo bem?
Trata-se, de fato, de uma situação mais complexa, mas, pelo cenário apresentado, entendo que estamos diante de duas pessoas jurídicas distintas no exterior. Dessa forma, não é possível apenas atualizar o CNPJ de investidor estrangeiro existente.
Entendo que a nova empresa estrangeira (empresa Y) deverá realizar a inscrição de um novo CNPJ de investidor estrangeiro, nos termos do art. 4º da IN RFB nº 2.119/2022.
Após a criação desse novo CNPJ, deverá ser feita a transferência da participação societária da empresa brasileira, por meio de cessão de quotas, da empresa X para a empresa Y.
Em seguida, será necessária a alteração do contrato social da empresa brasileira, para atualizar o quadro societário, com a retirada da empresa X e a inclusão da empresa Y como sócia.
Espero ter ajudado.