Olá Douglas
A sócia remanescente pode assinar a Procuração RFB, mesmo sem inventário, anexando certidão de óbito do sócio falecido e o contrato social. A Receita Federal normalmente aceita quando o objetivo é regularizar ou baixar a empresa.
Para retirar a inaptidão do CNPJ, é necessário entregar as declarações omitidas (DCTF, DSPJ Inativa ou ECF sem movimento). Após a entrega, a Receita costuma regularizar automaticamente. Se alguma declaração exigir certificado digital (como ECF), você pode usar o seu certificado de contador, desde que esteja habilitado por procuração.
Depois de regularizado, é possível fazer a baixa da empresa na Junta e na Receita. A sócia sobrevivente pode assinar o distrato, mencionando o falecimento do outro sócio e anexando a certidão de óbito. Em regra não é necessário alvará judicial quando não há bens ou inventário.
Espero ter ajudado.
