Olá Vanita, tudo bem?
Caso a empresa não faça a opção, o contador precisa se resguardar.
O mais adequado é formalizar a orientação ao cliente, explicando:
qual era a obrigação ou procedimento correto;
quais são os riscos (multas, autuações, encargos etc.);
e que a decisão de não cumprir foi da empresa.
Essa formalização pode ser por e-mail, mensagem ou até um termo simples, deixando claro que o cliente está ciente e optou por não seguir a recomendação técnica.
Além disso, o contador deve:
registrar internamente essa situação (documentar no dossiê do cliente);
evitar executar procedimentos incorretos que possam comprometer sua responsabilidade profissional;
Espero ter ajudado.