Olá Maria
Em regra, os serviços médicos estão sujeitos ao ISS conforme a Lei Complementar 116/2003, sendo devido no município do estabelecimento prestador (no caso, a PJ sediada em Alfenas/MG).
O fato de o médico realizar atendimentos em outras cidades, como Muzambinho/MG, não implica automaticamente a obrigação de inscrição municipal ou pagamento de alvará nesses locais, desde que ele apenas utilize a estrutura de terceiros, sem configurar unidade econômica própria (ou seja, sem sala própria, equipe, recepção ou organização empresarial no local). Nessa situação, não há caracterização de “estabelecimento prestador” fora do município de origem.
Além disso, se os atendimentos são faturados pela pessoa jurídica, a exigência de alvará na pessoa física tende a ser indevida. Por outro lado, se houver habitualidade com estrutura mínima que caracterize presença empresarial no município (ainda que simples), a prefeitura pode exigir cadastro e alvará, mas sempre vinculados à PJ. Portanto, o médico não necessariamente terá que pagar alvará em cada cidade onde atender, sendo essencial analisar se há ou não configuração de estabelecimento prestador em cada local e, no caso apresentado, há indícios de cobrança incorreta pela prefeitura.
Espero ter ajudado.