Olá Ana
Se a irmã é quem realmente trabalha e emite notas pelo CNPJ, ela deve constar como sócia-administradora, e não apenas como cotista.
O contrato social deve refletir a realidade da administração, que tratam da nomeação e responsabilidade dos administradores. O ideal é fazer uma alteração contratual na Junta Comercial (ou Cartório, se for sociedade simples), incluindo a irmã como administradora e atualizando o QSA no CNPJ.
Isso garante segurança jurídica, fiscal e previdenciária, evitando problemas futuros.
Espero ter ajudado.