Olá Luana
Sim, toda empresa que possui um estabelecimento fixo precisa pagar a TFE, inclusive as do Simples Nacional, pois ela não é um tributo federal, e sim uma taxa municipal (portanto, não está incluída no DAS).
Mas há exceções, como:
Profissionais autônomos sem estabelecimento fixo podem ter redução ou isenção, dependendo da lei municipal.
Empresas sem atividade operacional (apenas com CNPJ ativo, mas sem funcionamento) podem requerer suspensão ou baixa da inscrição municipal para evitar a cobrança. (Verificar a legislação Municipal)
Além da TFE, toda empresa precisa observar outras obrigações municipais, que variam conforme o tipo de atividade:
ISS (Imposto sobre Serviços)
Taxa de Publicidade ou Propaganda
Taxa de Vigilância Sanitária
Taxa de Coleta de Lixo Comercial
Espero ter ajudado.