Olá Luiz
Na alteração de EI para LTDA pelo VRE1 (com mudança de natureza jurídica e nome), você deve organizar os documentos em três processos: constituição, enquadramento e transformação, além dos documentos externos.
No processo de constituição, a ordem correta é: Requerimento Padrão, Formulário Limitada, Ficha Cadastral Modelo 1, Ficha Cadastral Modelo 2, Declaração de Desimpedimento, Declaração de Licenciamento Integrado, DARE e a folha para colar DARE/DARF, sendo normalmente 1 via de cada, enquanto o contrato social entra junto com cerca de 3 vias.
No processo de enquadramento, a ordem é: Requerimento Padrão, Formulário Limitada e Declaração de ME, todos em 1 via.
No processo de transformação, entra apenas a Ficha Cadastral Modelo 1 em 1 via.
Fora do VRE1, você deve anexar o DBE (1 via) e o Contrato Social de Transformação (mínimo 3 vias assinadas), garantindo que todas as informações estejam idênticas (nome, QSA, capital e CNAE), pois qualquer divergência gera exigência.
Quanto à assinatura, você pode sim utilizar o gov.br (nível prata ou ouro) para todos os sócios, e nesse caso não precisa imprimir nem autenticar, desde que o processo seja 100% digital; se optar por físico, aí sim precisa assinatura manual (e eventualmente reconhecimento de firma).
Espero ter ajudado.