Olá, Gessica. Tudo bem?
Entendo que essa decisão deve ser tomada por você junto com o cliente, após avaliar os prós e contras de cada opção.
Pelo que você relatou, não vejo um impedimento para fazer as alterações na empresa e manter o mesmo CNPJ. Porém, é importante lembrar que as declarações não entregues e os débitos em aberto continuarão existindo e precisarão ser tratados, independentemente da opção escolhida. E além disso, quando não são entregues as DASN-Simei o CNPJ pode ficar INAPTO.
Por isso, eu levantaria primeiro toda a situação da empresa para entender o tamanho das pendências e, com essas informações em mãos, avaliaria junto com o cliente qual caminho faz mais sentido para o caso dele.
Recomendaria que independente da escolha, você orientasse o cliente a regularizar a situação. Enviar as declarações e parcelar os débitos.
Espero ter ajudado.