Olá Danielle, tudo bem?
Quando o sistema questiona se “o ato já foi registrado no respectivo órgão de registro”, ele está se referindo ao ato que será levado para a Junta Comercial (como transformação, alteração, etc.).
Você pode usar a seguinte lógica:
Se o ato ainda não foi protocolado na Junta Comercial, clique em NÃO.
Se o ato já foi registrado/deferido na Junta, e você está fazendo o DBE apenas para atualizar o CNPJ na Receita, clique em SIM.
Assim fica mais fácil decidir qual opção marcar conforme a situação do processo.
Espero ter ajudado.