Olá Jéssica, tudo bem?
Neste caso, é recomendado você entrar em contato com a prefeitura e os órgãos envolvidos para verificar os procedimentos a serem realizados, porque pode variar a depender da localidade de onde a empresa está situada.
A mesma orientação quanto ao corpo de bombeiros, mas acredito que consiga sim a dispensa (mas precisa verificar com eles como proceder para solicitar).
A orientação no site da receita federal cita que:
Importante esclarecer que a dispensa de alvarás e licenças de funcionamento não desobriga o/a MEI de cumprir com os requisitos estabelecidos pelo poder público relativamente ao funcionamento regular de sua atividade, compreendidos os aspectos sanitários, ambientais, tributários, de segurança pública, uso e ocupação do solo, atividades domiciliares e restrições ao uso de espaços públicos.
As fiscalizações para verificar o cumprimento destes requisitos serão realizadas pela autoridade pública responsável. Caso se verifique alguma desconformidade, a autoridade responsável notificará o empreendedor para a adoção das providências de correção, respeitando o princípio da fiscalização orientadora estabelecido na Lei Complementar 123/2006. Mantida a inobservância da norma por parte do empreendedor, esse poderá ter as sanções aplicáveis de acordo com a infração cometida. (Base legal: Resolução nº 59, de 12 de agosto de 2020, do Comitê para Gestão da Rede Nacional para a Simplificação do Registro e da Legalização de Empresas e Negócios – CGSIM).
https://www.gov.br/empresas-e-negocios/pt-br/empreendedor/perguntas-frequentes
Espero ter ajudado!