Olá Ricardo, tudo bem?
Não é recomendável fazer dessa forma.
Quando as despesas de alimentação, transporte, hospedagem ou deslocamento fazem parte da execução do serviço, elas são consideradas custos vinculados à prestação do serviço e, em regra, devem compor o valor da nota fiscal. Emitir um recibo separado apenas para essas despesas pode ser interpretado pelo fisco como tentativa de reduzir a base de cálculo dos tributos.
De acordo com a Lei Complementar nº 116/2003, que trata do ISS, a base de cálculo do imposto é o preço do serviço, ou seja, todo o valor cobrado do cliente pela execução daquele serviço.
Só seria possível cobrar separadamente se a empresa estivesse apenas reembolsando despesas feitas em nome do próprio cliente, devidamente comprovadas e previstas em contrato. Caso contrário, o mais seguro é incluir todas essas despesas na nota fiscal como parte do valor do serviço.
Espero ter ajudado.