Olá Ana
O correto não é fazer estorno mensal da corretagem. O ideal é reconhecer contabilmente a receita bruta do aluguel e, separadamente, a despesa da comissão da corretora, mesmo que o valor recebido em banco já venha líquido.
Exemplo: se o aluguel é R$ 10.000, a corretora retém R$ 1.000 e a Adm recebe R$ 9.000, a contabilidade deve registrar R$ 10.000 como receita de aluguel, R$ 1.000 como despesa de corretagem e apenas o recebimento financeiro líquido de R$ 9.000 no banco.
O problema da duplicidade ocorre porque o sistema está reconhecendo a receita já líquida e ainda contabilizando a nota da corretora como despesa. Portanto, o ajuste correto não é estornar a nota, mas sim parametrizar o sistema para trabalhar com a receita bruta e a retenção/comissão como baixa financeira ou conta transitória.
Espero ter ajudado.