Boa tarde, Matheus,
Sim, é perfeitamente normal e esperado que o valor de IR retido seja maior que o valor de rendimento no extrato, exatamente pelo motivo que você já identificou, que é a incidência do come cotas.
O come cotas é uma antecipação semestral de IR sobre fundos de investimento, cobrada em maio e novembro, e ele incide sobre o rendimento acumulado da cota até aquele momento, aplicando a alíquota correspondente conforme o tipo de fundo, seja de curto ou longo prazo. Como essa retenção representa uma antecipação de imposto sobre rendimentos que ainda não foram efetivamente resgatados, é comum que o extrato mostre um valor de retenção proporcionalmente alto em comparação ao rendimento daquele mês específico, já que o come cotas não olha apenas o rendimento do mês, mas sim toda a valorização acumulada da cota desde a última incidência ou desde a aplicação.
Então esse descasamento entre o valor retido e o rendimento do período é normal e não indica nenhum erro de lançamento da sua parte. O IR retido na fonte sobre aplicações financeiras, incluindo o come cotas, pode ser utilizado como dedução do IRPJ devido no regime de lucro presumido, sendo lançado como IR a recuperar ou compensado diretamente na apuração do trimestre, exatamente como você fez.
Para a apuração do lucro presumido, o rendimento da aplicação financeira compõe a base de cálculo como receita financeira, sendo tributado como acréscimo à base de cálculo do IRPJ e da CSLL, enquanto o IR retido na fonte sobre essas aplicações é utilizado para deduzir o IR devido apurado no trimestre. Não existe nenhuma exigência de que o IR retido seja proporcional ou menor que o rendimento do período isolado, o que importa é que o valor retido esteja corretamente informado no extrato da instituição financeira e que você utilize esse valor total do trimestre, os R$ 4.482,72, como dedução do IRPJ apurado, e o rendimento total do trimestre, os R$ 468,50, como parte da base de cálculo tributável.
Vale apenas reforçar que, caso o IR retido no trimestre seja maior que o IRPJ devido apurado, o saldo remanescente pode ser compensado nos períodos subsequentes ou até mesmo restituído, conforme a legislação vigente, então não há problema algum nesse saldo credor gerado pelo come cotas ser maior que o rendimento do próprio período.