Olá Daniele, tudo bem?
Nesse tipo de situação não existe um procedimento único a se fazer, mas é fundamental você se resguardar.
Então, você pode registrar todas as cobranças por escrito, de preferência por e-mail, para demonstrar que a documentação foi solicitada.
Enquanto isso, você pode trabalhar com as informações que já estão disponíveis, como notas fiscais de entrada e saída, folha de pagamento e provisão dos impostos.
Além disso, no fim do exercício, é importante enviar a carta de responsabilidade da administração para formalizar que a entrega de documentos e informações é obrigação do cliente e que a contabilidade depende disso para ficar completa. Assim você garante a escrituração possível e também a sua proteção profissional.
Espero ter ajudado!