Olá Hingredy, tudo bem?
Pelo que você descreveu da operação do seu cliente, entendo que a operação está correta, uma vez que a receita da agência de viagens geralmente é apenas a comissão cobrada pela intermediação das passagens, e é sobre esse valor que incide a tributação. Mesmo que a movimentação bancária seja alta, o registro contábil deve considerar apenas a comissão para fins de tributação. Base legal: Lei nº 11.771/2008, art. 27.
Inclusive temos uma aula sobre agências de viagens no nosso curso de planejamento tributário que também pode te auxiliar, segue o link:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/234786-planejamento-tributario/4665428-caso-1-agencia-de-viagens-e-operadores-turisticos
Espero ter ajudado.