Olá Júlia, tudo bem?
Mesmo que seu cliente não emita nota fiscal para todas as vendas feitas a pessoas físicas, o fato de haver recebimento na conta jurídica comprova que a empresa teve receita. Portanto, essas receitas devem ser contabilizadas corretamente.
Para registrar essas vendas sem nota fiscal, você pode seguir este procedimento básico, depois de levantar todas as receitas do seu cliente:
Débito em Clientes a Receber (registro da receita a ser recebida);
Crédito em Receita de Revenda ou Receita de Serviços (conforme a atividade);
Quando o pagamento entrar na conta:
Débito em Banco ou Caixa;
Crédito em Clientes a Receber.
É fundamental que o cliente tenha algum tipo de controle dessas receitas, como livro caixa, extratos bancários e planilhas, porque a escrituração depende dessas informações para ser precisa.
Quanto à emissão de NFC-e, o MEI não é obrigado a emitir para pessoas físicas, somente quando solicitado. Ele pode continuar emitindo nota fiscal eletrônica somente para os casos obrigatórios (pessoa jurídica).
Sobre a escrituração retroativa desde o início de 2025, não há problema em realizá-la, desde que você tenha todos os dados necessários para registrar corretamente as operações desde essa data.
Vou indicar algumas aulas e materiais que poderão te ajudar no processo de escrituração:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/116845-contabilidade-para-microentidades/2800478-receitas-e-despesas-das-microentidades
Espero ter ajudado!