Olá Elen, tudo bem?
Sim, esses créditos de PIS/COFINS impactam o resultado e, por consequência, a base de cálculo do IRPJ e da CSLL, independentemente de estarem lançados no grupo de receitas ou como redutores de custos/despesas. A forma de contabilização não altera o efeito no lucro contábil.
Mas, assim como você, entendo que o mais adequado seria registrar como redutor (-) de custo ou despesa. Na minha experiência em escritórios, esses valores sempre foram lançados dessa forma. Particularmente, ainda não tinha visto esse tipo de crédito de PIS/COFINS classificado no grupo de receitas.
Espero ter ajudado!