Olá Marcieli, tudo bem?
Os bens integralizados podem ser depreciados normalmente, conforme os arts. 121 a 124 da IN RFB nº 1.700/2017.
A data de início da depreciação deve ser considerada a partir do momento em que ocorreu o desenquadramento do MEI e a constituição da nova pessoa jurídica (a Holding), ou seja, a partir de agora, quando os bens passaram efetivamente a compor o ativo imobilizado da nova empresa.
As taxas de depreciação seguem as taxas fiscais usuais, conforme o tipo de bem (por exemplo, veículos 20% a.a., imóveis 4% a.a.).
Espero ter ajudado.