Boa tarde, Taynara,
Vou tentar esclarecer esse ponto porque realmente gera bastante confusão entre os próprios contadores.
A regra que se aplica ao seu caso está no artigo 18-A da Lei Complementar 123/2006, e ela diferencia exatamente essas duas situações que você mencionou: excesso de até 20% do limite e excesso acima de 20% do limite.
Quando o MEI ultrapassa o limite de faturamento de 81.000 reais em até 20%, ou seja, fatura até 97.200 reais no ano, o desenquadramento só produz efeitos a partir de 1º de janeiro do ano seguinte àquele em que ocorreu o excesso. Isso significa que, no seu caso, como você ultrapassou o limite mas ficou dentro dessa faixa de até 20%, você continua sendo MEI normalmente durante todo o ano em que aconteceu o excesso, recolhendo o DAS-MEI como sempre fez, sem nenhuma alteração retroativa. A transição para ME só acontece de fato a partir de janeiro do ano seguinte, quando você passa a ser optante pelo Simples Nacional no regime normal, com todas as obrigações que isso implica, como escrituração contábil, apuração do PGDAS-D mensal e assim por diante.
Já quando o excesso é superior a 20% do limite, aí sim o desenquadramento é retroativo ao mês em que a receita acumulada ultrapassou o limite proporcional, e a pessoa precisa regularizar como ME desde aquele mês, recolhendo as diferenças de tributos pelo Simples Nacional normal e ajustando a escrituração desde então.
Pelo que você descreveu, como o seu excesso foi menor que 20%, não existe essa necessidade de retroagir a janeiro nem de fazer ajustes nos meses anteriores. Você permanece MEI até o fim do ano em que ocorreu o excesso, e o enquadramento como ME começa a valer só em janeiro do ano seguinte. Os contadores que falaram para deixar os outros meses zerados provavelmente estavam se referindo justamente a isso, ao fato de que não há obrigação de ME nesses meses porque você ainda era MEI de fato e de direito.
Um ponto importante é conferir a data que a Junta Comercial registrou como efeito do desenquadramento, porque ela deveria constar como 1º de janeiro do ano seguinte ao do excesso, e não a data em que você deu entrada no processo. Se a Junta registrou como data de efeito um mês anterior a esse, vale a pena verificar com eles ou com a Receita Federal para corrigir, já que isso pode gerar cobranças indevidas de obrigações de ME em um período em que você ainda estava dentro da sistemática do MEI.