Olá Thayná, tudo bem?
Os pagamentos pessoais feitos pela conta da empresa não entram como despesas operacionais. É uma situação complicada, mas entendo que a forma mais adequada agora seria tratar tais pagamentos que ja ocorreram como empréstimos a terceiros e formalizar um contrato de mútuo para justificar esses lançamentos, prevendo a devolução dos valores. Também é importante orientar o cliente sobre a confusão patrimonial, explicando que esse tipo de prática traz riscos fiscais (como questionamentos da receita federal). A partir de agora, ele deve separar totalmente as finanças pessoais das empresariais e evitar usar a conta PJ para despesas particulares.
Além disso, como a pessoa que administra a empresa não consta no quadro societário, é importante avaliar a situação. Verificar com o cliente se pretende formalizar essa condição por meio de alteração contratual para incluir como sócio, ou se o vínculo será ajustado de outra forma, por exemplo, com registro como funcionário…
Quanto à ECD, como a empresa está no Lucro Presumido, será necessário entregar essa obrigação sim.
Espero ter ajudado!