Oi Jhennifer, tudo bem?
O correto é contabilizar tanto as notas fiscais quanto o movimento financeiro, mas em momentos diferentes:
Provisão da receita:
D – Clientes a Receber
C – Receita de Vendas
Baixa do recebimento:
D – Banco
C – Clientes a Receber
Nesse momento você baixa o valor que já estava provisionado na conta de clientes.
O extrato bancário serve principalmente para conferência e conciliação, mas não deve gerar lançamento de receita novamente, senão há duplicidade.
No Calima, vale verificar como ele trata a importação de notas e extratos para evitar que o sistema lance a receita duas vezes.
Espero ter ajudado!