Olá, Jhennifer, tudo bem?
Sobre a operação correta:
O correto é que toda a receita seja devidamente documentada:
O cliente deve emitir notas fiscais de toda a receita obtida e receber esses valores na conta da Pessoa Jurídica.
Se ele for sócio que atua na empresa, deve receber pró-labore de, no mínimo, um salário-mínimo, com a respectiva contribuição previdenciária ao INSS.
A partir disso, a distribuição de lucros pode ocorrer isenta de IR, desde que haja contabilidade regular.
Sobre a sua responsabilidade:
Como contadora, você precisa orientar corretamente o cliente, por reunião e também por escrito, sobre os procedimentos adequados.
Formalize tudo no contrato de prestação de serviços, deixando claro o que é responsabilidade do escritório e o que é responsabilidade do cliente.
Solicite, anualmente, que ele assine a Carta de Responsabilidade da Administração, na qual declara que as informações fornecidas são verdadeiras e assume a responsabilidade sobre elas.
Dessa forma, você fica resguardada mesmo se o cliente insistir em práticas incorretas.
Espero ter ajudado!