Olá Nubia, tudo bem?
Sim, você pode criar uma conta para separar essas "receitas", mas não recomendo nomear a conta como “sem nota”.
E sim, o correto seria tributar, mesmo que não tenha sido cumprida a obrigação acessória de emissão da nota fiscal, o fato gerador (a receita da venda) já ocorreu e precisa ser reconhecido na contabilidade e na tributação.
A maior complexidade está na apuração de PIS e COFINS, pois o SPED Contribuições exige informações baseadas nas notas fiscais.
Neste caso, vale a pena consultar uma fonte especializada como IOB ou Econet, para verificar como declarar corretamente ou quais alternativas há.
Além disso, é importante considerar que:
No Lucro Real, a Receita Federal cruza automaticamente os dados de:
Cartões de crédito/débito (Convênio 134/2006);
PIX (via instituições financeiras);
Notas fiscais emitidas (NF-e / NFS-e).
A omissão de receita é um dos principais motivos de autuação, com multas altas sobre o valor sonegado (art. 44 da Lei 9.430/96).
O ideal é orientar o cliente a regularizar essa prática o quanto antes.
Se possível, emitir notas retroativas com multa ou realizar autorregularização espontânea antes de qualquer notificação fiscal.
Espero ter ajudado!