Olá Sabrina, tudo bem?
Essa situação é meio delicada e não existe uma forma “automática” de resolver, mas dá para pensar pelo raciocínio contábil:
Se a nota está no CNPJ do cliente (o construtor), mas quem paga é o tomador de serviço, na prática o cliente construtor passa a ter uma obrigação com esse terceiro, algo parecido com um empréstimo. Este seria o meu entendimento…
O efeito na contabilidade é que, se você baixa a nota do fornecedor (já que está paga), a conta de fornecedores ficará correta, mas aparecerá uma obrigação com o terceiro. O lançamento sugerido seria:
D – Fornecedor (para baixar a obrigação com o fornecedor)
C – Empréstimos de terceiros – Passivo (para registrar que o construtor deve reembolsar o tomador de serviço)
E precisa também se atentar que esse “empréstimo” precisa ser documentado, idealmente com contrato de mútuo ou registro formal, porque vai precisar ser liquidado depois.
Outra solução, seria essas notas serem emitidas no nome/cnpj de quem realmente paga por elas.
Espero ter ajudado.