Olá Kenia
Sim. Mesmo que a apuração do Simples Nacional já tenha sido feita no PGDAS-D, a contabilidade precisa reconhecer a despesa e a obrigação, então você pode lançar diretamente no contábil as apropriações do imposto com base nos valores já apurados. O procedimento correto é apropriar pela competência, registrando a despesa e o passivo, e depois fazer a baixa no pagamento.
A mesma lógica vale para o INSS sobre pró-labore, mesmo que a guia já tenha sido calculada ou paga, a contabilidade deve registrar o pró-labore, a retenção do INSS do sócio e, quando aplicável, o INSS patronal.
No Simples Nacional, o INSS patronal normalmente já está dentro do DAS, exceto para empresas do Anexo IV, em que a CPP é recolhida separadamente e deve ser apropriada em conta própria. O ideal é evitar lançar diretamente da despesa contra banco, porque isso elimina o passivo e prejudica a conciliação contábil e o regime de competência.
Espero ter ajudado.