Olá, bom dia!
Alguns sistemas disponibilizam essa importação de arquivos, mas a sistemática varia de acordo com cada sistema.
De uns tempos pra cá, os próprios sistemas de contabilidade estão oferecendo pacotes nesse sentido, onde o cliente autoriza o compartilhamento, e o próprio sistema faz a importação.
Mas é necessário fazer uma pesquisa de mercado, pois cada sistema tem uma particularidade diferente, assim como os valores de mensalidade.
Não teria um sistema específico para indicação, justamente pelo fato de cada sistema trabalhar de uma forma diferente do outro. Aconselho a fazer uma busca pela sua região, dos sistemas mais utilizados, para fazer uma cotação, e verificar se vale a pena o custo benefício.
Espero ter ajudado.