Bom dia, Edson
Nesse caso, você como contador pode ser autônomo, vai ter que se credenciar na prefeitura do seu município, pagar o alvará de autônomo e também o ISS fixo sobre a atividade. Com isso você consegue emitir nota fiscal para os seus clientes.
Para ter um CNPJ, você precisa analisar sua necessidade, se já tem um volume bom de clientes, se está faturando muito e na PF não está compensando mais tributariamente. Fazer um planejamento tributário para você mesmo.
Só lembrando que atividades regulamentadas, não podem ser MEI, como é o caso do contador.